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超聲波脫氣：將配制好的流動相連容器放入超聲清洗器水槽中脫氣10～20min。這種方法比較簡便，又基本上能滿足日常分析操作的要求，所以，目前仍廣泛采用。這種方法只能除去30%的溶解氣體，有時還會引起氣體溶解度的增加。對氧敏感的檢測器不宜用此法。超聲波脫氣比較好，10~20分鐘的超聲處理對許多有機溶劑或有機溶劑/水混合液的脫氣是足夠了（一般500ml溶液需超聲20~30min方可），關于超聲波脫氣時間問題眾說紛紜，各實驗室內5～30分鐘不等，一般來說流動相組成為無機（緩沖鹽溶液）時，5～15分鐘即可，流動相為是水和有機容積混合時，超聲脫氣時間要相對長一些，這個方法只能除去30%的溶解氣體，時間的延長不和效果成正比，且其中氣泡對色譜峰基線穩定性與信噪比有一定影響，一般來說影響不大，15min超聲即可足夠。此法不影響溶劑組成。使用超聲清洗器脫氣時應注意避免溶劑瓶與超聲波清洗器槽底部或壁接觸，以免玻璃瓶破裂，容器內液面不要高出水面太多。

有機相超聲脫氣時溫度控制很關鍵。多數有機溶劑在超聲過程中會發熱，溫度過高可能改變溶液性質或引發危險。建議將超聲波清洗儀溫度控制在25-30℃之間，對于易揮發或易燃的有機溶劑更應嚴格控制。若超聲波清洗儀器無溫控功能，可采用間歇超聲工作方式，避免溶液過熱。流動相超聲波清洗儀器脫氣需要蓋蓋子嗎？超聲處理時蓋子的松緊程度直接影響實驗安全與效果。流動相超聲時，建議將蓋子輕輕擰上但不要完全擰緊，留出適當縫隙。這樣既能防止溶劑揮發，又能避免超聲波產生的壓力導致容器破裂。有機相超聲同樣需要蓋蓋子，但同樣不宜擰得過緊，尤其是揮發性較強的有機溶劑更需注意。